Kobyłka na mapie z 1850 roku
Powstanie Kościuszkowskie i towarzyszące mu zniszczenia wojenne, zwłaszcza w czasie bitwy stoczonej 26 października, zaraza mająca miejsce wkrótce po trzecim rozbiorze Polski, odcięcie granicą austriacką od zaplecza gospodarczego w Warszawie spowodowały szybki upadek Kobyłki, widoczny w spadku liczby jej ludności. W 1795 r. władze austriackie ustanowiły w Kobyłce komorę celną. Od tej pory ustała wymiana handlowa między miejscowościami leżącymi na wschód od Warszawy a samą stolicą, zerwane zostały naturalne związki regionu ze swoim centrum. Nastąpił marazm w gospodarce i oświacie, upadły kobyłkowskie zakłady przemysłowe.
Wojny napoleońskie i towarzyszące im zniszczenia pogłębiły zastój. Na krótko (1807-1813) Kobyłka znalazła się w Księstwie Warszawskim, miniaturowym państwie polskim związanym sojuszem z Francją. W 1812 r. przez Kobyłkę ciągnęły wojska napoleońskie na Rosję, a po tragicznej klęsce wracały stamtąd niedobitki „Wielkiej Armii”. Według tradycji utrwalonej w Kobyłce od pokoleń wracający Francuzi wprowadzili do kościoła swoje konie, by ogrzać je i posilić przed długim marszem do Paryża. Przy okazji żołnierze napoleońscy zdewastowali cenne freski w świątyni, które trzeba było potem zamalować białym wapnem. Niebawem na biwakujących we wsi Francuzów uderzyli Rosjanie, którzy po rozgromieniu nieprzyjaciela popędzili niedobitki w stronę Marek. Cała trasa pościgu została zaznaczona mogiłami poległych Francuzów. Po latach, podczas budowy kolei warszawsko-petersburskiej, robotnicy odkopali mnóstwo kości, resztki broni i wiele pocisków — pozostałości po walce rozegranej pod Kobyłką na początku 1813 r.

W 1827 r. Kobyłka liczyła zaledwie 28 domów i 266 mieszkańców, czterokrotnie mniej niż przed trzecim rozbiorem Polski. Wieś kilkakrotnie zmieniała właścicieli. 30 stycznia 1817 r. od syna niesławnej pamięci zdrajcy z czasów Powstania Kościuszkowskiego Unrucha kupił Kobyłkę gen. wojsk polskich Józef Edward Rautenstrauch. W dziesięć lat później sprzedał ją z kolei Wincentemu Toporowi Matuszewskiemu, doradcy prawnemu rządu Królestwa Pilskiego. 2 czerwca 1846 r. Matuszewski sprzedał wieś swojej córce, Juliannie Pieniążkowej. Po niej dzierżyli Kobyłkę kolejno Wigor Ran, żydowski przedsiębiorca Borensztein i wreszcie Natalia Gruel. Ta ostatnia w 1878 r. przeprowadziła parcelację dóbr kobyłkowskich, składających się wówczas z dużego folwarku obejmującego 720 mórg ziemi, w tym 475 mórg gruntów ornych i sadów. Dziedziczka pozostawiła sobie tylko 38 włók ziemi ornej i sadu oraz stary dwór zwany Korektą, stojący już prawie 100 lat w pobliżu kościoła. 14 grudnia 1881 r. część tę nabył od niej Słowak z pochodzenia, Józef Orszagh. Był on dziedzicem Kobyłki aż do początku XX w., a jego potomkowie żyją w miejscowości do dzisiaj.

Przez cały wiek XIX Kobyłka była małą wioską położoną pośród gęstych lasów. Zwierzyny leśnej żyło tu mnóstwo, a zimą w srogie mrozy wilki podchodziły aż do samego dworu i kościoła. Budowa linii warszawsko-petersburskiej nie wpłynęła początkowo na rozwój miejscowości, która w końcu XIX w. miała nadal tylko 36 domów. Sama parafia kobyłkowska była natomiast rozległa – w 1853 r. liczyła 3250 mieszkańców, w tym także ówczesnych wołominiaków. Parafia była uboga i zaniedbana, ludność zdemoralizowana pijaństwem. Zabytkowy kościół uległ zupełnej dewastacji. Miarą ubóstwa mieszkańców był fakt, że na powstałym na początku XIX w. cmentarzu kobyłkowskim w 1837 roku oprócz wzniesionej przez Wincentego Matuszewskiego kaplicy rodzinnej znajdowało się tylko kilka grobów murowanych (m.in. ks. Józefa Gośka, Koralkiewiczów – dziedziców Nowej Wsi w dzisiejszej Wołomin Słonecznej, i Świątkowskich). W 1881 r. cmentarz został powiększony o uroczysko Kąpiel, na którym pochowano poległych żołnierzy kościuszkowskich z bitwy pod Kobyłką w 1794 r. Dalszą część gruntu przyłączył do cmentarza w 1901 r. Józef Orszagh. W tedy to zbudowano wokół cmentarza mur, stojący do dzisiaj.

Opłakany stan parafii potwierdziła wizytacja dokonana w 1886 r. przez biskupa warszawskiego Wincentego Popiela. W dwa lata później powołał on na probostwo w parafii ks. Franciszka Marmo. Człowiek ten dokonał w Kobyłce ogromnych zmian. Zlikwidował przede wszystkim plagę pijaństwa, podniósł poziom moralny parafian, przywrócił do świetności kościół, przyczynił się do wzrostu zamożności Kobyłki. Widocznym jej symptomem stała się budowa wielu nowych, wygodnych domów w miejscowości. Społeczną i duszpasterską działalność ks. Marmo wsparł niebawem wydatnie nowy wikariusz parafii, ks. Marceli Weiss, autor cennego opracowania o Kobyłce i jej kościele, opublikowanego w 1901 r. Dzieło ks. Weissa jest do dzisiaj podstawowym opracowaniem historycznym dotyczącym Kobyłki.
Wieści Podwarszawskie
R.2, 1992 nr 3 (51) (26 I)